実験TIPS

通常の核酸ゲル電気泳動において、2本鎖DNAは相補的な水素結合を形成することで安定な構造をとり、鎖長に応じた泳動・分離が可能です。一方、RNAは1本鎖であるため、分子内で形成する水素結合によって高次構造を形成します。従って、電気泳動を実施しても、鎖長に応じた泳動・分離はできません。

 

 

 

 

 

 

 

 

RNAの電気泳動を行う場合は、RNAの変性処理と変性ゲルによる泳動中の変性の維持によって高次構造を解消することで鎖長に応じた泳動・分離を行うことが可能です。

RNAの電気泳動では500 b (base)を目安に、500 b以上ではアガロースゲル、500 bより小さい場合はアクリルアミドゲルを選択します。

また、当社の「Easy Electrophoresis Loading Buffer」（代理店webサイトリンク）を用いることで非変性アガロースでのRNA電気泳動が可能です。

 

 

 

 

 

 

 

 

• Agarose

• 10×MESA Buffer: 0.2 M MOPS, 20 mM Sodium acetate, 10 mM EDTA

• 37% Formaldehyde Solution

• Formamide

• 10×MESA Buffer: 0.2 M MOPS, 20 mM Sodium acetate, 10 mM EDTA

• 37% Formaldehyde Solution

• 200 µg/mL Ethidium Bromide

• 10× Formaldehyde gel-loading buffer: 50% (v/v) Glycerol, 10 mM EDTA (pH8.0), 0.025% (w/v) Bromophenol Blue

• 1×MESA Buffer: 20 mM MOPS, 2 mM Sodium acetate, 1 mM EDTA

• 三角フラスコ

• 電子レンジ (実験専用)、またはオートクレーブ

• ゲル作成トレイ・コーム

• 電気泳動層・パワーサプライ

• 検出器

 

 

 

 

• 40% (w/v) Arylamide/Bisacrylamide Solution (19:1)

• 10×TBE Buffer: 880 mM Tris(hydroxymethyl)aminomethane, 880 mM Boric acid, 20 mM EDTA・2Na

• Urea

• TEMED

• 10% (w/v) Ammonium Peroxodisulfate (Persulfate)

• Loading buffer: 80% Formamide, 10 mM EDTA, 0.025% (w/v) Bromophenol Blue

• 1×TBE Buffer: 88 mM Tris(hydroxymethyl)aminomethane, 88 mM Boric acid, 2 mM EDTA・2Na

• 1.0 mg/mL Ethidium bromide

• ビーカー

• マグネティックスターラー・撹拌子

• ゲル作成プレート・コーム

• 電気泳動層・パワーサプライ

• 検出器